Au XIIe siècle, le trône des seigneurs de Fougères est occupé par Raoul II, qui verra d'un très mauvais oeil l'invasion de son pays par Henri II, alors roi d'Angleterre. D'autant plus que ce dernier, sans aucune délicatesse, s'emparera de son château avant de le détruire... Agacé, Raoul II s'attela à le reconstruire. Mais fi du bois ! Sensibilisé aux atouts de la pierre, il utilisera du granit pour le nouveau château. Bien plus vaste, il était renforcé par plusieurs tours.
Au pied de la forteresse, un village se développait sur les berges du Nançon. Il accueillait de nombreux ateliers de tanneurs qui assuraient la vitalité du hameau.

À la frontière entre le duché de Bretagne et le royaume de France, Fougères subira souvent la rivalité de ces deux puissances. Au XIIIe siècle, la ville sera prise par Mauclerc, capitaine de Bretagne, avant d'être reprise par le roi de France. Malgré ces conflits, ce sera une époque relativement prospère qui verra la cité croître et s'embellir. Elle est maintenant protégée par des remparts (ils sont encore visibles ruelle des Vaux), tandis que de nouvelles tours sont ajoutées au château.
En 1307, Philippe le Bel, souverain de France (surnommé le "roi de fer" pour sa proverbiale intransigeance), achète la baronnie de Fougères. Qui sera attaquée, avec succès, quelques années plus tard par Jean de Montfort, duc de Bretagne. Bien évidemment, le roi de France ne pouvait ainsi laisser échapper une de ses plus belles places fortes. Il dépêcha alors son meilleur capitaine, Bertrand du Guesclin, qui s'emparera sans coup férir de Fougères en 1373.